Sua história tem início durante a Segunda Guerra Mundial, em 1942. Os sucessivos ataques aos navios brasileiros mercantes pelos alemães e as invasões nas águas territoriais do Brasil pelos italianos fizeram a Instituição destinar parte da sua frota de aviões e pilotos à escolta dos navios e ao monitoramento e à segurança do litoral brasileiro. A comemoração pelo Dia da Aviação de Patrulha foi instituída no dia 22 de maio, pois, nessa data, ocorreu a primeira ação da recém-criada FAB contra um submarino italiano.